Fala Daniel !
Fiquei 4 dias inteiros em Amsterdam, pude aproveitar mas ainda alguns locais legais ficaram faltando...Berlin a mesma coisa, 3 dias inteiros me parece pouco, acho legal pelo menos 4. Praga, pra mim está ok, também tive 3 dias inteiros.
Berlin não é indispensável pra vc, mas se for, não irá se arrepender.
Os outros locais não fui, mas pelo que li, Viena parece viável com 2 dias.
Para os deslocamentos, da uma olhada neste site abaixo, me ajudou MUITO ! Principalmente para deslocamentos internos.
https://www.rome2rio.com/pt/
Vlw