Atacama e patagônia são "extremos" dependendo da epoca que vc vá! vamos la, ou seja, um muito calor e altitude e no outro ventos acima de 80km/h e frio batendo sempre proximo de zero levando a sensação termica pra temperaturas negativas. se vc quer ir para dois (que n vale a pena, va para 1...e depois va para outro pq tem muita coisa pra fazer em ambos)
se quer ir do atacama para patagonia:
de Santiago, há voos para: El calafate, punta arenas, ushuaya, rio galegos e puerto natalles (praticamente todas as cidades chilenas e argentinas da região da patagonia)
se quiser ir somente para torres del paine fazer o W, vá para punta arenas (tem q pegar um onibus que leva 4h pra chegar em puerto natales e custa 15mil pesos)
se quer ir para los glaciares, vá para el calafate direto e se quiser ir pra el chalten só pegar um busão que leva 3h para chegar em el chalten que custa de 450 a 600 pesos argentinos.
se quer ir ao contrario, só pegar o voo a partir de alguma dessas cidades, todos os onibus param nos aeroportos pq ficam sempre antes de chegar nas cidades.
por 15 dias, se tem bala na agulha e quer curtir bastante, escolha um lado da patagonia e algumas partes do atacama pra fazer.
observação importante: supondo que vc vá no verão, mesmo nessa epoca o tempo é instavel e pode mudar de uma hora para outra, portanto, nos seus 3..4..dias de W vc pode ter a "chance" de nao ver las torres, mirador britanico e glacial grey (alem de todos os campings gratuitos já estarem reservados, vai ter q gastar com os pagos ou refugios $$$)