O importante é você evitar que o seu equipamento seja pressionado por outros itens dentro da mochila ou por outras bagagens e que ele seja protegido no caso de quedas ou choques/batidas, além disso ele deve ficar razoavelmente protegido de poeira, umidade, chuva, etc.
Eu tenho usado duas maneiras para carregar equipamento fotográfico em viagem, uma delas consiste em usar uma mochila com compartimento para câmera. Tenho uma Lowepro que funciona perfeitamente para isso, mas resta pouco espaço na parte superior para levar outras coisas e ela é volumosa embaixo por causa do compartimento que protege camera e lentes. È uma solução boa para saidas curtas ou quando você leva a tralha principal em outra sacola/mala.
A minha mochila não é mais fabricada, mas aqui você pode ver as opções Lowepro dessa alternativa
http://products.lowepro.com/catalog/Camera,14.htmA outra maneira é separar câmera e lente e colocar em bolsas individuais a lente, o flash e a câmera.
Uso as bolsas da Alhva mas existem de outros fabricantes. As bolsas das Alhva são compactas e dispõe de mecanismos de você fixa-las ao cinto, mochila, bicicleta, etc.
Aqui dá para você ter uma idéia:
http://www.alhva.com.br/listaprodutos.a ... entes&ic=3Elas protegem o que está no seu interior muito bem contra poeira, choques mecânicos e variações de temperatura. Não são à prova dágua mas eu já tomei banhos de chuva em Ubatuba e elas não vazaram água para o interior.
Por último, tem a opção de bolsa pra camera+lente do kit, muita gente mochileira top usa e gosta, eu usei com SLR mas não gostei de usar com DSLR. Tanto a Alhva qto Lowepro e cia fabricam essas bolsas, aqui você tem uma idéia:
http://products.lowepro.com/product/Top ... 2129,8.htmResumindo, eu acho que até dá para ter a câmera dentro da mochila cargueira ou de ataque, mas acho que tem que coloca-la dentro de uma proteção se não houver compartimento para ela e nesse caso, acho melhor que ela fique numa bolsa fora da mochila.