Oi llaarrii,
seu roteiro está bem legal mesmo.
Eu acho que vale muito a pena visitar o Bronx zoo. Fique atento no metro, não lembro ao certo mas tem um trem que é expresso, mas não sei se ele para exatamente na estação do zoo. Se não parar, pare numa parada antes e pegue um que pare na parada do zoo. As paradas posteriores não são muito seguras. De sempre uma olhada no site da MTA, para verificar se tem alguma estação fechada ou algum trem que não vai operar, isso pode ocorrer e pode atrapalhar bastante.
Prefiro visitar o empire a noite, o visual da cidade a noite é coisa de outro mundo. Tem que dar uma olhada nos horarios.
Outra coisa, como vocês pretendem passear pela Times Square a noite, acho que vale a pena visitar o Madame Tussaud's quando estiverem por lá a noite e aproveitar o tempo para outra coisa. Tem um museu de coisas bizarras ao lado do Madame Tussaud's, é interessante.
Outra dica tem uma loja da apple no Soho. Alias no Soho tem várias lojas bem legais.