Em setembro irei para a Europa, vou passar 23 dias. Meu voo (Lufthansa) é para Lisboa com conexão em Munique, fico alguns dias em Lisboa, depois vou para a Itália, França, Alemanha e mais alguns países do leste europeu. Termino em Budapeste onde pego um voo para Lisboa

Minha dúvida é a seguinte:

O fato de entrar no espaço de Schengen pela Alemanha, mas em um primeiro momento não ficar lá e depois de alguns dias (13 dias) retornar para a Alemanha (fico 4 dias em Munique) pode gerar algum tipo de implicância na imigração alemã ?

Todas companhias aéreas obrigatoriamente fazem escala no seu país de origem ao chegar da Europa, é de praxe, ou seja, milhares de pessoas que passam no Aeroporto de Frankfurt ou Munique não vão pra Alemanha. É a coisa mais comum que tem.