Com o visto "D" (residência) em Portugal ,DENTRO DOS PRIMEIRO 90 DIAS, posso retornar ao Brasil e voltar a Portugal por (04) quatro vezes, sendo que no visto consta só 02 Entradas? 

Para mim está bem claro, se no seu visto consta que são duas entradas, é por que são permitidas somente 2 entradas neste período.

Se no visto consta claramente somente 2 entradas, por que você acha que pediria sair e voltar 4 vezes?

As únicas exceções que eu conheço em relação a estas regras seriam por graves problemas de saúde, falecimento de familiares ou viagens a trabalho, mas tem que conseguir comprovar isto, e mesmo assim é um processo complicado, você vai responder a um processo no SEF e você provavelmente vai precisar envolver um advogado para não perder o visto.

Mas se mesmo assim você ainda estiver com dúvida, eu sugiro procurar um advogado especializado nas leis de imigração e vistos portugueses, para el confirmar para você, por que o SEF está bem sobrecarregado, e não sei se eles lhe responderiam em tempo hábil

Repetindo o que falei antes, agora que você já está com tudo encaminhado e venceu a pior parte do processo, respeite os limites e regras definidas, não coloque tudo a perder  por causa destas saídas de Portugal, espere passar os 90 ou 120 dias e depois saia e volte quantas vezes quiser. 

Mas por que você precisa tão desesperadamente sair e voltar tantas vezes de Portugal nestes 3 ou 4 meses?

Você não pode esperar passar os 90 ou 120 dias e depois sair e voltar quantas vezes quiser sem colocar em risco o seu visto de estudante/residência? 

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SUBSECÇÃO II

Visto de residência
Artigo 58.º

Visto de residência

1 — O visto de residência destina -se a permitir ao seu titular a entrada em território português a fim de solicitar autorização de residência. 2 — O visto de residência é válido para duas entradas em território português e habilita o seu titular a nele permanecer por um período de quatro meses.

https://www.vistos.mne.pt/images/schengen/lei_102_2017_5_alteracao.pdf