Oi GVCMello, Thiago e Giovana. Não sou especialista em Grécia, só fui 8 vezes para lá, por isso conheço um pouquinho dos esquemas (além de ficar sempre me atualizando). Vou tentar resolver as dúvidas de todos aqui:
1) Existe atualmente metrô até o aeroporto. Se vc procurar em guias antigos não vai ter, mas é possível pegar o metrô na estação de Pireus (que é o porto) e ir para o aeroporto. O percurso é bem longo, mas vale a pena. Tentem programar a chegada (ou saída) do vôo para o horário de funcionamento do metrô, pois do contrário vcs podem gastar mais com táxi do que o que vão pagar pela passagem aérea numa low-cost.
2) Várias companhias fazem Roma-Atenas. As oficiais são Alitalia e Olympic Air, mas é possível pegar uma low-cost. Na Itália não há muitas cias low-cost, vou pesquisar quais operam Roma-Atenas e depois escrevo.
Com relação ao trajeto de barco, existem 2 opções: saindo de Brindisi, no sul da Itália e chegando a Patras ou Corfu. As duas são difíceis, pois quando não existiam passagens aéreas baratas eu só fazia esse trecho de ferry-boat e era bem complicado, já que você tem que dormir no deck do ferry-boat, o que é frio pra caramba, a viagem dura umas 12 horas e o navio geralmente é imundo. Tem um esquema de pagar deck e ficar na
cabine (que é mais cara), mas se pegarem ou vão te expulsar ou vc vai ter que pagar a diferença. Além do mais todo mundo fuma na cabine, o que torna o ar irrespirável. Para quem não tem muito tempo disponível, vale a pena pegar um vôo. Se possível, pegue um direto para as ilhas e deixe Atenas por último (acho que já escrevi isso aqui umas 100 vezes), já que greves são frequentes e vc pode ficar literalmente ilhado. A GVCMello e a Fefe_viaja já responderam sobre tarifas/duração, vc pode acessar aqueles sites e verificar.
3) A GVCMello perguntou dos barcos Paros/Mykonos. Eu já peguei algumas vezes um direto, só que depende da época do ano, pois só no verão (junho até agosto) é mais frequente, em outras épocas são bem poucos por semana. Se quiser pode ir para Naxos também, que fica pertinho de Paros. As duas são bem mais tranquilas que Mykonos, que é a ilha do agito (junto com Ios). Em Paros tem uma filial falsificada do Hard Rock Café (a de Mykonos é verdadeira, mas está sempre às moscas, além de ser longe para burro), que é o point. Passei de um dia só vale a pena para Delos (ou melhor, tem que ser de uma dia, já que lá, sendo um sitio arqueológico, não permite permanência de ninguém). Mykonos e Delos em um dia é uma roubada gigante, realmente não vale a pena. O ideal é vc passar pelo menos três dias em Mykonos (ou Santorini, conforme sua preferência). Para quem é adepto de uma balada mais forte o ideal é Ios, que é o equivalente grego a Ibiza.
4) A Gio_vana vai no inverno, que é uma época pouquissima visitada da Grécia. Eu já fui em Dezembro, estava frio pacas, mas bem mais quente que o resto da Europa, por ficar bem ao sul. Vocë pode até visitar as ilhas, mas eu sugiro ir de avião, pois no barco vc vai congelar (eu fui no deck no inverno - lembro de cada minuto até hoje - só fiquei melhor depois de me enrolar em um jornal grego, técnica que aprendi com mendigos mas que tem um ótimo efeito

) Eu incluiria, além de Atenas, alguns lugares da Grécia continental, como Meteora, que eu acho que vale a pena. Se puder ir para as ilhas vale a pena dar uma esticada também até Rodes, que é superbonita e diferente das Cyclades. Pode até aproveitar e ir para a costa da Turquia, que também é bem legal (e mais barata que a Grécia). Evite o Chipre, pois é caro e não tem nada de diferente em relação ao resto das ilhas gregas (ou turcas, como no caso de metade da ilha). Se vc vai ficar 30 dias só na Grécia dá para ver muitas coisas, principalmente de Atenas, que vc pode gastar uns 10 dias só andando por lá (o museu arqueológico de Atenas merece um dia inteiro só para ele). De Atenas vc acha vöos baratos para o Egito, que vai estar mais quente (estou sempre fugindo do frio!) e que , para quem gosta de História, é um lugar incomparável. Acho que se é a primeira viagem que vocês fazem vale a pena ir para mais lugares (é o que eu chamo de viagem-índice) para depois voltar para onde preferirem.
É isso! Se tiverem mais dúvidas por favor, escrevam. E não esqueçam de, ao retornar, escrever a experiência que tiveram no site.
Abraços,
Alex