Gostaria de saber de quem já foi ao Japão da diferença entre os três cartões acima,como se adquire cada um deles,e principalmente, se há necessidade de fazer uso deles?

Suica e Pasmo são semelhantes, são duas empresas diferentes com a mesma funcionalidade, como funciona:
São cartões estilo pré-pago usado para transporte, mas eles são aceitos em muitas lojas, tipo Seven Eleven.

Escolha um deles, o Suica é o mais famoso, mas ambos funcionam igual. Você coloca dinheiro nele e quando for no metrô ou ônibus, ao passar na catraca é só passar o cartão, tanto na entrada quando na saída, ele vai debitar do seu saldo. Esses cartões funcionam em qualquer cidade japonesa praticamente, e também trens regionais (os lentos).

É possível comprar ticket avulso, mas é muito mais complicado.

O JR Pass já é um passe igual o Eurail, ele permite você usar os trens entre cidades (ele não é válido para metrô e ônibus) por um certo período e por uma certa região. Mas, assim como o Eurail, 90% das vezes não compensa pois é um pouco caro. Então em geram é mais vantajoso comprar o ticket avulso.

Resumindo:
Escolha ou Suica ou Pasmo.
JR Pass apenas se fizer muita viagem entre cidades num curto período.

@Davi Leichsenring A carestia do JR foi o motivo da pergunta. Ao que vi os outros dois não tem valor fixo para compra,certo?E aonde se compra?No aeroporto ou on line para poder usar logo que chegar?

Eu uso iPhone, então eu apenas instalei a versão virtual do cartão https://support.apple.com/pt-br/108772

Se quiser a versão física, você pode comprar no aeroporto o Welcome Suica (mas precisa pedir com antecedencia), mas ele é válido por apenas 28 dias (nunca entendi essa validade), e você encontra ele basicamente só no aeroporto, pois eles não vendem avulso na cidade. Já o Pasmo é mais facil achar pra comprar nas estações de metrô. Os valores eu não sei, mas é coisa de 5$ equivalente a versão física.

Para recarregar a versão iPhone, basta fazer isso direto no celular, para as versões físicas, precisa ir no Totens que tem nas estações, colocar dinheiro em espécie que ele recarrega.

@Davi Leichsenring E se não for eles,não aceitam outro cartão, como VISA, por exemplo ou dinheiro?

Em Toquio sei que consegue, mas isso depende de cada metro da cidade. O Pasmo você consegue comprar em qualquer estação de metro, é bem mais prático que ficar a depender do CC, pois no interior tem menos opções, porém o Suica/Pasmo vai funcionar