Olá. É a primeira vez que vou viajar para a Europa. Comprei a passagem Rio de Janeiro x Nuremberg pela LATAM e meu voo tem duas conexões, sendo o último trecho operado pela Lufthansa (Frankfurth x Nuremberg)

Acontece que a LATAM não permite que eu faça o check in online com eles, e sim diretamente no site dA Lufthansa. Mas quando coloco meu localizador (código de reserva), a Lufthansa diz que não existe nenhuma reserva. 

Alguém que já tenha ido pra Europa de latam fazendo conexão com outra empresa pode me ajudar?

Nestes casos, você faz check-in  lá no aeroporto mesmo, nos guichês de atendimento da Latam.

Minha situação é semelhante!
Mas comprei pela Swiss. Irei fazer o trajeto Rio - Frankfurt (ida e volta) pela Lufthansa e os trajetos internos pelo Swiss. Ao administrar minha reserva só aparece as opções de marcar assentos nos voos operados pela Swiss.

Vc acha que eu tb não conseguirei fazer o check in on line pela Lufthansa? Não quero pagar pelos assentos...

Quando são voos operados por empresas diferentes, normalmente só é possível marcar assento nos trechos operados pela companhia onde você comprou a passagem.

Ou seja, se comprou na latam, só consegue marcar assento antecipadamente nos trechos operados pela Latam, se comprou pela swiss só pode marcar assento antecipadamente nos trechos operados pela Swiss, e assim por diante...

Nestes casos, a marcação e escolha dos assentos é feita gratuitamente no momento do check-in lá no aeroporto, no guichê da companhia aérea que irá operar o primeiro trecho.

Só chegue um pouco mais cedo no aeroporto, para ainda ter bastante opções de assentos para você escolher.

 

O check-in é sempre realizado na empresa que irá operar o primeiro trecho.

Se forem trechos operados por empresas diferentes, muitas vezes o check-in pela internet não está disponível, você terá que faze-lo pessoalmente lá no aeroporto sem custo nenhum, no guichê da empresa que irá operar o primeiro trecho da viagem de ida ou o primeiro trecho da viagem de volta.

Faça todo o procedimento diretamente no aeroporto.

O localizador da LATAM não será aceito em outra cia, por que por mais que elas sejam parceiras, seus sistemas são diferentes.

A não ser que você consiga pegar o localizador que foi gerado com a Lufthansa (sim, internamente é gerado um localizador para cada cia que opera o itinerário).