Pessoal, meu nome é João Francisco Bonfim Silva, porém no meu bilhete veio Francisco João Bonfim Silva, vocês sabem me dizer se isso pode acarretar algum problema no momento do embarque sendo que eu já tenho o código de reserva no meu email? Desde já agradeço, obrigado.

Com certeza tem problemas, se for internacional. Afinal, teoricamente, pode até ser seu irmão gêmeo. O nome da minha esposa estava abreviado e eles reemitiram a passagem. Seu passaporte (ou id) tem que estar idêntico à passagem, ou pode dar problema (pode até passar direto, dependendo da pessoa que te atender na fronteira, mas para ter garantia, é melhor consertar). Se for nacional não sei te dizer. 

@schitini  A TAP está me cobrando 45 euros para alterar o nome, tô achando um absurdo. 

@Joaofbs Acho que não tem problema em meu bilhete da TAP veio SANTOS/SIDNEY. Creio que só deve ter atenção ao número de documento fornecido na ato da reserva da passagem, como descrito abaixo:

NO CHECK-IN, POR FAVOR APRESENTE UMA IDENTIFICACAO COM FOTOGRAFIA E O
DOCUMENTO FORNECIDO COMO REFERENCIA, NO ATO DA RESERVA.

@Sidney Santos  muito obrigado. Você usou o passaporte para comprar sua passagem, certo? 

@Joaofbs Sim, usei passaporte.